About gamers and minorities.

Just installed Fallout 4. Serious rant incoming.

I like my cRPG games made so they resonate with me. You know, programmed with the thought of the player who actually plays them.

It is 2015 and gaming industry is still completely blind to a large minority of gamers. Those gamers would also like to play Fallout 4 or Witcher 2 (haven't tried Witcher 3), or even Guild Wars, without feeling that they are utterly not needed in the gaming community. Those gamers would like to try out sci-fi games like Elite: Dangerous without being jealous of the majority of players who feel at home in this game.

This minority that I belong to encompasses approximately 15% of players. I mean, it's a susbtantial percentage to think of, and still the gaming industry has to recognize their presence. Most of the time, it's like they do not exist, and if the game has features that appeal to them, it's usually by accident.

As you probably have guessed, I am writing about left handed people.

Damn it, gaming industry. Damn it!

Maz Kanata. The eyes have it.

"I have lived long enough to see the same eyes in different people."
So, my friend made a connection and I kind of can't unsee it.
Also, an archipelago. Rrright.
I wonder if it's intentional? Or she just managed to imprint herself on us all :)

Fluorescent endosomes in a live cell

Lately I’ve been visiting conventions with a talk about fluorescent proteins. It’s a technique that allows to visualize different processes in living cells. For the most time in the history of biology we had to make do with fixed cells, which are obviously quite dead.

To do that, first we have to perform a transfection. This is a technique of transient genetic modification of the cells we want to look at.

If it sounds like a beginning of a sci-fi thriller - actually this is a very popular method. For a molecular biologist, as common as using a hammer for other professions. It is also much safer, because while you can hit your finger with a hammer, a transfected cell on a plate remains a cell on a plate and does nothing in particular.

We do not actually change the cell’s genetic material (most of the time that is). We make her take up plasmids. A plasmid is a circular DNA particle, used by bacteria as a handy upgrade to her genome. It usually codes antibiotic resistance, and since bacteria can exchange plasmids between each other, this is how antibiotic resistance spreads in nature.

Well, we can prepare a plasmid so the mammalian (or other) cultured cell can use it. And make her take it up, for example with lipofectamin. Mammalian cells usually lose the plasmid in a few days, or die from it, but we don’t care. We want to visualize them in a short time from the transfection (there are methods to make stable modifications to the cells, but I don’t want to dwelve into that right now).

Then, we can:
1. Make a cell produce a protein it usually doesn’t produce. Either because it can’t or because we made her lose that ability, or it’s a mutated protein. And investigate what happens.
2. Make a cell produce a protein it usually produces, but much more, to collect it later and investigate it in a large batch.
3. Make a cell produce that protein, fused with a fluorescent protein, to watch what happens live.
Etc.

Fluorescent proteins were a discovery awarded with the Nobel Prize in 2008. While newspapers wrote about it, it is hard to imagine what we do with it, except for creating shiny mice (for the record, they do not fluoresce in the dark. They emit light when excited with another light, but with a chromatic shift - it has a different color than the original one).

What do I do with that, for example?

I watch endosomes.
I’m not sure if endosomes are organelles you learn about at school, so briefly: they are vesicles responsible for transport and/or degradation of other proteins. There’s a lot of kinds of them in the cell.
Faulty endosomes were found in neurodegenerative diseases such as Alzheimer’s, Parkinson’s or ALS. In other diseases too, but I am obviously biased as a neurobiologist.

These are endosomes. Live. Small balls flying across the rat fibroblast, cultured on a glass bottom plate, in the tasty medium.



In green, we see vesicles with EGFP-Rab5.
RGFP is green fluorescent protein, enhanced version. Rab5 is a small protein that appears on early endosomes.

In red, we see vesicles with Tag-RFP-EEA1.
Tag-RFP is a new red fluorescent protein. EEA1 is another protein found in early endosomes; it binds to Rab5. You can see that they go together.

Colors in this movie are digital; they reflect the real ones only because I made it so. The original movie is always black and white, recorded in two channels. I could make them violet and yellow and that wouldn’t matter, but this is less confusing.
I kind of like like them. Do you?

Świecące endosomy w żywej komórce

Od jakiegoś czasu zjawiam się na konwentach z prelekcją o białkach fluorescencyjnych. Jest to technika, która pozwala na zaobserwowanie w komórkach na żywo różnych zjawisk, które przez większość historii biologii molekularnej widywaliśmy jedynie w komórkach i tkankach utrwalonych, a zatem zupełnie martwych. Na śmierć.

Aby to zrobić, najpierw trzeba dokonać transfekcji - czyli przejściowego zmodyfikowania genetycznego komórek, które chcemy obserwować.
Brzmi jak początek filmu katastroficznego?
Otóż dla biologa molekularnego jest to technika równie powszechna, jak użycie młotka i o niebo bezpieczniejsza, bo młotkiem można się uderzyć w palec, a zmodyfikowana genetycznie komórka ssacza na szalce nadal jest tylko komórką ssaczą na szalce i nic nikomu zrobić nie może.

Zazwyczaj wcale nie grzebiemy do tego w genomie komórki, tylko wprowadzamy do niej plazmidy. Plazmid to takie małe kółko z DNA, używane zwykle przez bakterie jako podręczny dodatek do genomu. Kodują sobie na nich oporności na różne antybiotyki i handlują nimi miedzy sobą nawzajem. Stąd tak prędko rozpowszechniają się w przyrodzie bakterie antybiotykooporne.

Otóż plazmidy można spreparować tak, żeby mogła ich używać komórka ssacza i podać jej w taki sposób, aby je pobrała - na przykład za pomocą odczynników takich, jak lipofektamina. Ssacze komórki często gubią plazmid w ciągu kilku dni albo od niego umierają, ale nas to nie interesuje, bo chcemy tylko je oglądać następnego dnia, a nie robić coś z nimi dalej (gdybyśmy chcieli dalej, są i takie techniki).
1. Możemy sprawić, że będzie produkowała białko, jakiego zwykle nie produkuje. Na przykład takie, które zaburza jakieś funkcje w komórce. Albo przywraca jej funkcje, które straciła. Ma to mnogość zastosowań badawczych.
2. Albo produkowała takie, jak zwykle, ale w nadmiarze. Potraktować ją jak mini reaktor do wytwarzania tego białka, żeby je badać.
3. Albo produkowała takie, jak zwykle… ale zmodyfikowane tak, aby świeciło. I obserwować jego zachowanie pod mikroskopem.
Etc…
Jakiś czas temu za odkrycie świecącego białka GFP przyznano nagrodę Nobla. Gazety rozpisywały się na ten temat, ale konia z rzędem temu, kto na podstawie fotek świecącej meduzy wywnioskował, do czego my tych białek używamy. Bo niekoniecznie do tego, żeby mieć fajne świecące myszy. I nie, one nie świecą w ciemnościach - emitują światło pod wpływem światła, z przesunięciem chromatycznym (innego koloru).
Po szczegóły zapraszam na moją prelekcję. Albo napiszę o tym artykuł, czy co.

I co ja z tym robię?

Otóż podaję komórkom takie plazmidy, żeby można było obserwować endosomy.
O ile przeważnie wiemy, co to jest jądro komórkowe czy też mitochondria, nie jestem pewna, czy endosomy znajdują się we współczesnym programie nauki biologii. Są to pęcherzyki odpowiedzialne za transport rozmaitych białek, mRNA i tak dalej w komórce, czasem także degradację.
Ich nieprawidłowe działanie obserwowano w wielu chorobach neurodegeneracyjnych - takich, jak choroba Alzheimera, Parkinsona, ALS (i pewnie wiele innych, ale ja jestem naturalnie skrzywiona w stronę neurobiologii).
Oto endosomy. Żywe. Małe kulki latające sobie po szczurzym fibroblaście. Tenże fibroblast siedzi sobie na szalce ze szklanym denkiem, w towarzystwie kilkudziesięciu tysięcy innych, zalany pożywką.



W kolorze zielonym widzimy hybrydowe białko EGFP-Rab5.
EGFP to zielone białko fluorescencyjne, wersja ulepszona. Rab5 to małe białko występujące we wczesnych endosomach.
W kolorze czerwonym widzimy białko Tag-RFP-EEA1. Tag-RFP to nowoczesne czerwone białko fluorescencyjne.
EEA1 to inne białko występujące we wczesnych endosomach, które wiąże się z Rab5. Widać, że występują razem.

Kolory na filmie są nadane cyfrowo i odzwierciedlają te prawdziwe tylko dlatego, że tak chcę. Oryginalny film z kamery jest zawsze czarno-biały - odbiera ona i amplifikuje światło - a nagranie zrobiono w dwóch kanałach. Równie dobrze jeden mogłabym pokolorować na fioletowo, a drugi na żółto. Ale tak jest łatwiej.
Nie wiem, jak wam, ale mnie się tam podobają.

Progress report.

Szatkuję właśnie rozdział piąty Mandali. Zasada jest prosta: tam, gdzie po sześciu latach nic nie rozumiem, zmieniam tak, żeby było zrozumiale.
W tej chwili nie mam pojęcia, jakie będą losy tej powieści, czyli po staremu.

Gdzieś w tle kopiują się ciężkie pliki z obrazkami neuronów. Kicia śpi na kanapie za moimi plecami. Połówek na uczelni.

Mogę sobie tylko wyobrażać, jak rozpolitykowani i rozemocjonowani są dziś ludzie.
Nadal nie wiem, czy powinnam się wstydzić, że mnie tam wczoraj nie było. Może rzeczywistość da się opisać tylko z dystansu?

Wbrew pozorom istnieję.

Gdyby ktoś mnie szukał na fb i nie mógł znaleźć:
Zdezaktywowałam konto, nic mu się specjalnego nie stało. Po prostu nie wytrzymałam ciśnienia.

Kiedy wyprowadzałam się od rodziców, to była końcówka 2007; byłam chora i zmęczona, nie tylko sytuacją polityczną. Zdecydowałam wtedy, że nie kupię telewizora i do dziś go nie mam. Ale zdaje się, że to samo robię sobie za pomocą mediów społecznościowych.

Popieram protesty przeciwko demolowaniu Konstytucji i TK; zawsze uważałam tę część naszego ustroju za najcenniejszą, pamiętam jeszcze dyskusje z 1997 i emocje towarzyszące jej ustanowieniu. Wszystko inne stapia mi się w tej chwili w magmę, z której nie potrafię wyłonić nic ponad to, że jest źle. Czuję się jak lord Jim skaczący ze statku. Udzielam wsparcia (czy chodzi o rozemocjonowany KOD, czy o zimno kalkulujące Razem), ale z oddali.

Nie dam rady zaangażować się politycznie, nie tylko dlatego, że wiecznie mam wątpliwości, czy przypadkiem ktoś nie próbuje wykorzystać szczerych intencji moich i moich znajomych (kilka lat temu, w dość lokalnej sprawie, której nie było na pierwszych stronach gazet, to właśnie mi się przydarzyło). Także z pobudek, które z moim uważaniem mają niewiele wspólnego. Dzieje się tak nie po raz pierwszy; może kiedyś będę tego żałowała.

Ktoś na tym całym chaosie korzysta, ktoś go wykorzystuje prawdopodobnie. Komuś zależy na destrukcji.

Musi być ktoś, kto siedzi i buduje, dłubie teksty i ogląda neurony, nawet jeśli pies z kulawą nogą nie obejrzy tych tekstów i tych wyników (nie umyka mi znaczenie fb jako narzędzia promocji).

Jeśli będę mieć coś ciekawego do powiedzenia, powiem tutaj. Może ktoś zagląda gdzieś poza swoim wallem. Jeśli nie, po prostu będę milczeć.
See ya ;)

NaNoWriMo. Skończyłam, skończyłem pisać książkę. ICOTERAS?

Krótko i ogólnowojskowo.

Listopad się skończył. Macie w szufladzie kawał tekstu. Ewentualnie, macie w szufladzie kawał tekstu, chociaż nie uczestniczyliście w maratonie pisarskim.
I co z tym dalej robić?

1) Tradycyjnie przestrzegam przed plątaniem się w wydawnictwa typu POD albo ze współfinansowaniem. NIGDY NIE POWINNIŚCIE PŁACIĆ ZA PUBLIKACJĘ. Jeśli tak się dzieje, to ktoś was oszukał; kończy się to stertą źle zredagowanych, niesprzedanych książek, nagabywaniem ludzi po stronach internetowych, kacem moralnym jak 150 i zniechęceniem.

2) Zwykły self-publish w ebooku nie jest taki zły, niektórzy uznani autorzy tak wydają, ale pamiętajcie, że to jest wyjście czysto rozrywkowe, dla znajomych i przyjaciół. Więc nie oczekiwać bestsellera i się nie denerwować, jak go nie ma. Większość tych pozycji nie ma redakcji, tylko zwykłą korektę. O ile mi wiadomo, wyjątkiem jest RW2010, gdzie redakcję robią, ale tylko pozycjom, które im się bardzo spodobały. Nie wiem, jak dobra jest ta redakcja, bo koleżanka, która tam wydawała, sama z siebie pisze świetnie i trudno stwierdzić, gdzie kroił redaktorski nóż. Ale ona jest absolutnym wyjątkiem; większość ludzi redakcji wymaga, ja też.

3) Tradycyjna droga jest długotrwała. Asystent miał chętnych jeszcze przed napisaniem; robiłam go według zaakceptowanego wcześniej, napisanego przeze mnie konspektu, ale z duszą na ramieniu, czy się spodoba. Od rozpoczęcia do wydania książki miną cztery lata. Cztery lata. Mandala leży w czyśćcu wydawniczym od 2010 roku, kiedy to wydawnictwo wydające pierwszy tom powiedziało, że dziękuje i idzie na ryby. Jeśli chcecie tą drogą pójść, to jest podróż. Nie zniechęcam, trzeba tylko się nastawić na cierpliwość i skupić się na czymś innym, niż tylko publikacji.

4) Ziny. Ziny są dobre. Ziny nie zobowiązują, dają publikację i cieszą oko, i pracuje tam mnóstwo pasjonatów robiących znakomitą redakcję. Na przykład Esensja. Nie ma lepszej weryfikacji, kiedy już wasze teksty zaczną się do czegoś nadawać stylistycznie. Pieniędzy z tego nie będzie, ale i tak są nieduże przy tym zajęciu (to nie jest zawód, chyba że dla nielicznych).

5) Wymiana tekstów między sobą, w gronie fanów fantastyki, uczestników maratonu, piszących fanfiction jest chyba najbardziej satysfakcjonująca, jeśli nie wiążecie z literaturą planów na przyszłość. A nawet, jeśli wiążecie.

Pisarstwo może być wspaniałą przygodą, ale nie róbcie nim sobie krzywdy nadmiarem ambicji i/lub samobiczowania.

Coś o tym wiem; też tam byłam.